深圳出入境邊防檢查總站，全稱“中華人民共和國深圳出入境邊防檢查總站”（簡稱“深圳邊檢總站”），位于深圳市沿河南路1068號。隸屬公安部出入境管理局垂直領導，副廳級建制，下轄羅湖邊檢站、皇崗邊檢站、深圳灣邊檢站、蛇口邊檢站、文錦渡邊檢站、機場邊檢站、鹽田邊檢站、沙頭角邊檢站、筍崗邊檢站、大鏟灣邊檢站等十個邊防檢查站，擔負深圳羅湖口岸、皇崗口岸（含福田口岸）、深圳灣口岸、蛇口港口岸、文錦渡口岸、深圳機場口岸、鹽田港口岸、沙頭角口岸、筍崗口岸、大鏟灣口岸等對外開放口岸的出入境邊防檢查任務。主要職責包括：對出入境人員及其行李物品、交通運輸工具（汽車、火車、船舶、飛機）及其運載貨物實施邊防檢查，對出入境交通運輸工具進行監護，對口岸限定區域進行警戒以及法律法規和主管機關賦予的其他任務。2009年，深圳邊檢總站共檢查出入境人員1.849億人次，較2008年上升了近300萬人次，同比增長1.5%；檢查的出入境交通運輸工具數量則有所下滑，全年共檢查車（船、飛機）1483萬輛（艘、架）次，同比減少4.8%。其中出入境車輛1474萬輛次，同比減少4.8%；出入境船舶7.8萬艘次，同比減少16.2%；而出入境飛機數量有所上升，達1.3萬架次，同比增長5.3%。